C 1 октября 2009 года вступает в силу статья 2 Федерального закона от 9 апреля 2009 года №58-ФЗ «О внесении изменений в Бюджетный кодекс Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации», которая предусматривает поправки в Таможенный кодекс. Согласно этим поправкам, осуществляется переход на уплату плательщиками таможенных и иных платежей на единый счёт, открытый территориальному органу Федерального казначейства и предназначенный для учёта поступлений и их распределения между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации.
Введение нового порядка уплаты таможенных и иных платежей в доход федерального бюджета предполагает следующие изменения: уплату участниками внешне-экономическй деятельности (ВЭД) таможенных и иных платежей на единый счёт органа Федерального казначейства, открытый Управлению Федерального казначейства по г. Москве для учёта и распределения таможенных и иных платежей от внешнеэкономической деятельности между бюджетами; осуществление учёта таможенных и иных платежей таможенными органами (в том числе за уплату ввезённого из-за рубежа оборудования - промышленного, сеьскогохозяйственного, торгового и т. д.) исключительно в разрезе кодов бюджетной классификации (КБК); введение КБК для учёта авансовых платежей и денежных залогов при осуществлении деятельности в области таможенного дела; уплату таможенных платежей участниками ВЭД по каждому КБК отдельным платёжным документом, при этом денежные средства, внесённые участником ВЭД на счёт, открытый Управлению Федерального казначейства по г. Москве, могут расходоваться только по тому КБК, который указан в платёжном документе (за исключением авансовых платежей); исключение возможности уплаты таможенных платежей и внесения денежных залогов третьими лицами; введение ограничений по уплате таможенных и иных платежей от участников ВЭД наличными денежными средствами в кассу таможни: с 1 октября 2009 года уплата таможенных и иных платежей наличными денежными средствами может быть осуществлена только физическими лицами; уплату таможенных пошлин и налогов в валюте Российской Федерации. Для исключения дестабилизации таможенного оформления товаров, Федеральным законом №58-ФЗ предусмотрено поэтапное закрытие действующих счетов по учёту таможенных и иных платежей от внешнеэкономической деятельности.
